曾经，未知的敌人自深海出现，少女般娇小的体型，却有着不逊于舰炮的火力。就像曾经飞机航母撕碎了战列舰的时代，如今人类的舰队也被同样小型灵活的塞壬所摧毁。在失去了90%以上的海域控制权后，名为碧蓝航线的联合组织最终成立，凭借着隶属于人类方的舰娘，一批又一批的指挥官，在人类与塞壬的战争最前线建立了无数港区。